Zwischen den Stationen Hackerbrücke und Isartor auf der sogenannten Stammstrecke fuhren seit 10.30 Uhr keine Züge, wie die Bahn mitteilte. Davon betroffen waren auch die Knotenpunkte Hauptbahnhof, Karlsplatz (Stachus) und Marienplatz. Ursache der Unterbrechung ist nach Angaben der Bahn ein Wassereintritt im Gleisbereich zwischen den Stationen Hackerbrücke und Hauptbahnhof. Wie lange die Störung voraussichtlich anhält, konnte die Bahn zunächst nicht sagen. Eine Prognose sei derzeit nicht möglich.
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Die Stammstrecke verläuft weitgehend unterirdisch durch die Münchner Innenstadt. Täglich fahren rund 1000 Züge auf der Stammstrecke. Laut Bahn gibt es nirgendwo in Europa mehr Verkehr auf zwei Gleisen. Rund 840 000 Menschen nutzen die S-Bahn pro Werktag. Zur Entlastung des für Störungen anfälligen S-Bahn-Netzes wird in der Landeshauptstadt eine zweite Stammstrecke gebaut. Sie soll 2028, zwei Jahre später als ursprünglich geplant, in Betrieb gehen und verläuft überwiegend durch einen neuen Tunnel.