Der Verlauf für den 15,7 Kilometer langen Brenner-Nordzulauf steht fest. Lange wurde zwischen den fünf Grobtrassen „Orange“, „Rot“, „Limone“, „Pink“ und „Türkis“ überlegt. Die Entscheidung der Bahn fiel nun auf die Trassenvariante „Limone“, deren neuen Gleise sich zwischen Ostermünchen im Landkreis Rosenheim und Grafing im Landkreis Ebersberg westlich der bestehenden Strecke erstrecken.
Die Auswahl der Trassenvariante verlief nach einem abgestimmten Kriterienkatalog. Hier erhielt die Variante Limone die meisten Bewertungspunkte für Raum und Umwelt sowie für Verkehr und Technik.
Aber nicht jeder ist erfreut über den kommenden Brenner-Nordzulauf. Denn dieser läuft eng an Orten vorbei. Für die Anlieger im Landkreis Ebersberg sorgt das für Unruhe. Sie haben vor allem Angst vor den gewaltigen Erdarbeiten und vor einer möglichen "Verinselung" der Ortschaften.
Von Süden kommend beginnt die Trasse an der Verknüpfungsstelle Ostermünchen und verläuft dann bis Ametsbichl nahe an der bestehenden Strecke. Dann schwenkt sie auf eine 990 Meter lange Brücke in Richtung Westen ab. Anschließend verläuft sie über eine 130 Meter lange Brücke weiter Richtung Dorfen. Auf Höhe von Lorenzenberg beginnt der Salachtunnel. Der ist ca. 1,6 Kilometer lang und verläuft zwischen Obereichhofen und Pfadendorf. Auf Höhe des Siedlungsgebietes von Hamberg taucht die Trasse wieder an die Oberfläche auf.