Zwischen Klinikum Großhadern und Kieferngarten fährt die U6 wie gewohnt im Fünf- bis Zehn-Minuten-Takt.
Im Abschnitt Kieferngarten bis Garching-Forschungszentrum fährt ein Pendelzug im 15-Minuten-Takt.
Am U-Bahnhof Kieferngarten müssen die Fahrgäste zur Weiterfahrt umsteigen. Teilweise ist der Umstieg über das Zwischengeschoss nötig, da die Züge laut MVG am Kieferngarten wie auch in Fröttmaning nicht immer von den gewohnten Gleisen abfahren können.
Die MVG empfiehlt, frühzeitig auch alternative Fahrtrouten mit Regionalbussen zu prüfen, die zwischen 5 Uhr und 22 Uhr verkehren.
Zur Fußball-Europameisterschaft gibt es aber laut Münchner Verkehrsgesellschaft keine Einschränkungen. Bei den Spielen des FC Bayern wird die Verbindung erst in Fröttmaning, statt am Kiefergarten unterbrochen.
Bei den Gleisanlagen nördlich des U-Bahnhofs Fröttmaning müssen acht Weichen samt Schotter, Schwellen und 1000 Meter Fahrschiene sowie 1300 Meter Stromschiene ausgetauscht werden. In einer zweiten Phase, voraussichtlich 2025, folgt dann der Austausch von weiteren sieben Weichen, 700 Meter Fahrschiene und 1200 Meter Stromschiene.